Vo februári roku 1989 sa v Brne zišlo päť mladých ľudí, tzv disidentov, ktorí sa rozhodli v zmysle novoprijatého zákona o družstevníctve z roku 1988 založiť publikujúce družstvo. Družstvu dali meno Atlantis a nadviazali tak na tradíciu edície Atlantis. V roku 1993 sa družstvo Atlantis transformovalo na spoločnosť s ručením obmedzeným. Nakladateľstvo ATLANTIS vydáva pôvodnú časkú tvorbu a preklady svetových autorov.